La finalità principale dell'attività tecnica svolta da ETPI è la conservazione degli ambienti e degli ecosistemi acquatici, per raggiungere tale fine è necessaria una profonda conoscenza dei corsi d'acqua e della biocenosi che essi ospitano ottenibile attraverso il monitoraggio. L'ETPI infatti realizza monitoraggi ambientali e della fauna ittica, anche in collaborazione con altri enti preposti alla realizzazione di indagini di carattere ambientale.

L'Ente svolge periodicamente attività di monitoraggio al fine di stabilire se le azioni di ripopolamento intraprese siano efficaci, ovvero se gli individui immessi sopravvivano all'introduzione, in quale quantità, e se avvenga il loro accrescimento e successivo spostamento verso le acque abitate dagli individui maturi della medesima specie. L'attività di salvaguardia svolta dall'Ente comprende anche il monitoraggio delle specie alloctone con particolare riguardo per quelle invasive di rilevanza unionale e il monitoraggio dello stato sanitario delle popolazioni ittiche e dei crostacei d'acqua dolce.

Un'importante fonte di dati sulle popolazioni ittiche dei corsi d'acqua proviene inoltre dai recuperi di fauna ittica operati nel caso di lavori in alveo, asciutte artificiali o asciutte naturali.

In occasione dei lavori in alveo l'Ente Tutela Patrimonio Ittico interviene in diversi modi:

-formulando pareri e raccomandazioni finalizzate alla diminuzione degli impatti negativi. ETPI esprime pareri nei procedimenti di competenza della regione soprattutto nel caso di verifiche di assoggettabilità alla valutazione di impatto ambientale (VIA), di procedimenti di VIA e di concessioni di derivazione. 

-prescrivendo il recupero della fauna ittica e la successiva movimentazione in corsi d'acqua atti ad ospitarla.

-differendo i lavori a periodi in cui l'impatto negativo è minore o nullo.

I recuperi di fauna ittica nel caso di lavori in alveo vengono operati da soggetti terzi autorizzati sotto la supervisione di personale ETPI, molto spesso a tale scopo viene utilizzata la tecnica della pesca elettrica. La  pesca a scopo di salvaguardia, come anche la pesca a scopo di studio vengono spesso praticate utilizzando generatori di corrente elettrica e sono soggette al rilascio di un'autorizzazione da parte di ETPI. 

Ai link sottostanti è possibile reperire informazioni sui lavori in alveo e sulla pesca a scopo di studio e salvaguardia.

•Supervisione sugli interventi in alveo

•Pesca a scopo di studio e salvaguardia